本发明公开了一种基于用户分簇的导频分配方法，根据用户到基站的信号强度构建基站与用户之间的关系矩阵，选择每个用户的最大信号强度的基站作为服务用户的主基站；根据用户与主基站连接关系，计算各个基站的连接用户数目，并进行排序；将第一个基站的用户分为一个簇，簇的最大可容纳用户数为可用导频数，根据用户与基站之间的联系以及基站服务的用户数，为簇中增加或减少用户，使得簇中的用户数达到最大可容纳数。重新依据用户数对基站排序，重复分簇过程，直至所有用户完成分簇过程；最后根据分簇结果为每个簇内分配正交导频。本发明的方法可以有效减小簇内导频污染对系统性能的影响，提升系统的数据速率。