本发明涉及一种天然气水合物自动微波搅拌加热分解装置及其使用方法，其特征在于，金属外壳内固定设置微波搅拌加热腔和微波发射器，微波搅拌加热腔内设置有搅拌装置；微波搅拌加热腔的进口依次经第一电磁开关、流量感应器和第一离心泵连接天然气水合物输送装置；所述微波搅拌加热腔的出口依次经温度感应器和第二电磁开关连接气液固三相分离器的进口；气液固三相分离器的底部出口通过流化床干燥器分别连接尼龙收集筒和岩屑收集筒，气液固三相分离器的顶部出口通过第二离心泵连接储气罐；控制器分别电连接微波发射器、搅拌装置、第一电磁开关、第二电磁开关、流量感应器和温度感应器，本发明可以广泛应用于水合物开采领域中。