基于飞行设备信号屏蔽的智能禁飞区域管理方法及其系统，包括：控制通用信号检测器实时获取探测范围内的飞行设备授权频段信号并控制监控摄像头实时摄取监控影像，分析禁飞边界的警示区域是否有飞行设备存在，若有则识别飞行设备实时空间坐标数据并分析飞行设备是否有进入禁飞边界，若有则控制第一信号干扰设备进入预设时间的信号屏蔽状态并分析飞行设备是否有返航，若有则控制第二信号干扰设备进入预设时间的信号屏蔽状态并分析飞行设备是否有掉落，若未有则控制抓取无人机追踪空间坐标数据并控制第三信号干扰设备向飞行设备发射干扰信号，在飞行设备掉落至地面后，控制抓取无人机利用抓取机构将飞行设备进行抓取固定携带至禁飞管理部门仓库。