本发明公开了一种便于对齐的扫描式大面阵的微透镜阵列结构，包括第一保护工装、第二保护工装、第一微透镜阵列、第二微透镜阵列、二维微位移台、高精度垫片和校正工装；所述第一保护工装和第二保护工装分别与第一微透镜阵列和微透镜阵列进行粘合，保护两片微透镜阵列；所述校正工装用于调整第二微透镜阵列相对位置，其通过固定在二维微位移台上，用于实现两片微透镜阵列的高精度对齐。本发明提供的扫描式大面阵微透镜阵的对齐方法，结构简单，操作方便，能够实现两片微透镜阵列微米量级的高精度对齐，具有体积小、装置简单、加工精度要求低等特点。