本发明提供了一种杂交兰种子无菌播种及其育种方法，依次通过人工授粉、果荚预处理、种子无菌播种、种子萌发、原球茎及根状茎增殖，增殖阶段分2步走：(1)从中挑出5～10棵无根苗各自单独进行增殖继代，再经壮苗生根培养，得到分生苗；(2)剩下的继续增殖继代，增殖到一定数量时进行壮苗生根培养，得到分生苗。随后分生苗和实生苗分别进行炼苗移栽，经苗期种植最终形成开花株，通过对比筛选出优良株系形成新品种，并从实生苗开花株中筛选出分生苗开花株中没有的优良单株，再经单株克隆繁殖、种植及开花形成新品种。本发明的方法显著地提高了杂交兰育种效率，并通过快速育种方法和常规育种方法相结合，形成互补优势。