本发明提供一种压力脉动控制系统及方法，该系统包括：通过流体管线顺次连接的压力数据采集单元、主动型蓄能器，与压力数据采集单元和主动型蓄能器电连接的处理器，以及自动充放气单元；压力数据采集单元用于采集流体管线内的压力数据；处理器用于接收压力数据，并将压力数据与预设压力数据进行比较，根据比较结果驱动主动型蓄能器控制流体管线内的压力脉动；自动充放气单元与主动型蓄能器连通，用于向主动型蓄能器中充入或放出气体，实时调节所述主动型蓄能器内的气液压。本发明提供的压力脉动控制系统及方法，可以使流体管线内的压力脉动根据流体管线内的压力变化自动进行调节，自适应能力较强，对压力脉动的控制精度较高。