本申请公开了一种轴体深孔加工系统，涉及深孔加工技术领域，其包括钻孔装置，钻孔装置包括：机架；钻孔机构，钻孔机构包括转动连接于机架上的钻头座、设置于机架上的钻孔电机；夹持机构，夹持机构包括夹持座、第一夹持部、第二夹持部、滑移驱动件以及驱动电机；夹持座设置于机架上；第一夹持部包括设置于夹持座上的第一座体、以及转动连接于第一座体上的第一转动座；第二夹持部位于第一夹持部靠近钻孔机构的一侧；第二夹持部包括设置于夹持座上的第二座体、以及转动连接于第二座体上的第二转动座。通过工件与钻头的反向转动以及夹持机构的第一夹持部和第二夹持部对工件的两端进行定位，从而使得深孔加工的同轴度精度更好。