本发明属于矿用变频驱动技术领域，公开了一种矿用变频驱动系统漏电保护方法和系统，方法包括以下步骤：S1、对变频器的三相输出电压和对地漏电电流进行四路同步采样；S2、对测量到的三相电压进行共模变换，得到共模电压值；S3、对共模电压和共模电流进行傅里叶变换，得到谐波电压和谐波电流，其中，傅里叶变换的频率上限设为变频器开关频率；S4、将电压幅值小于电压阈值或者电流幅值小于电流阈值的所有谐波信号舍去；然后在剩余的谐波中，逐次计算各个相同频率的谐波电压和谐波电流的相位差，若出现相位差在±10°之内，则判定电阻性电路占主要成分，输出漏电保护信号。本发明实现了分级漏电保护的功能，提高了矿用变频驱动系统的安全性和可靠性。