本发明公开了一种黄腐酸类杀菌除臭剂及其制备方法和应用，属于除臭剂技术领域。将天然高分子复合物黄腐酸经改性后制得的黄腐酸表面活性剂与植物提取液复配，制备得到具有良好杀菌除味效果的除臭剂。黄腐酸亲水性强，通过与阳离子表面活性剂反应引入亲油端，增强黄腐酸表面活性；黄腐酸溶液与植物提取液有较强挥发性，引入乳化剂，延长除臭剂分子与臭味分子间的相互作用，达到高效祛除目的。制备方法工艺简单，原料易得，成本低，可实现大规模生产，经本方法制得的杀菌除臭剂具有良好的除臭性能和杀菌性，能够广泛应用在祛除臭味、环境治理等方面。