本发明公开了一种用于有机物污染土壤原位修复的微生物桩系统，包括实管,实管的底部固定连接有花管，本发明通过设置有实管、花管以及降解菌载体，降解菌载体用于将降解菌固定在载体材料上，载体材料中的降解菌会透过花管的孔隙降解污染土壤中的有机污染物，以此实现避免将污染土壤开挖并集中，在不影响企业生产的情况下进行微生物原位修复，通过设置有控制中心，控制中心连接有监控系统，养分添加系统以及有线信息传输系统，实时了解桩内的理化性质，将通过养分添加系统向降解菌载体内部注入营养液来调节桩内的理化条件，以便为微生物生长创造更合适的环境，使微生物能够更高效地将污染物降解。