本发明属于医学生物检测技术领域，公开了一种病原体的自动化检测装置及自动化检测方法。本发明所提供的自动化检测装置包括控制系统、第一机械臂、第二机械臂、生物传感器和光纤光谱仪，其中：所述生物传感器设于所述第二机械臂上；在控制系统的控制下，第一机械臂将液体样品加入所述生物传感器表面和清洗所述传感器表面；第二机械臂将生物传感器表面对准光纤光谱仪的光纤探头进行光学检测；光纤光谱仪检测并采集生物传感器的光学反射谱数据。本发明的自动化检测装置和检测方法不但提高了检测通量，还可避免人员检测操作带来的失误和交叉感染等风险，并且由于使用了基于纳米材料‑多孔硅的光学生物传感器，具有较高的检测灵敏度。