本发明公开了一种基于内调制光源法的光源频闪测试仪的校准方法及校准系统，所述方法如下：产生稳定的频率参考信号；根据不同的频率参考信号选择不同的输出波形信号，并通过控制器对激光光源进行内调制和对激光光源进行温度控制；将激光光源通过内调制产生的频闪光信号通过光隔离器；将通过光隔离器输出的光信号光束后进行放大处理，并输出到参考探测器上，参考探测器将接收到的光信号进行光电转换输出到频率计上，频率计对光信号进行测量，记下该数值；将待校准的光源频闪测试仪替换参考探测器和频率计；通过利用待校准的光源频闪测试仪对光信号直接进行测量，通过不断的调试，使得待校准的光源频闪测试仪读取数值与频率计读取的数值一致，完成校准。