本公开涉及一种利用微阵列深井培养高通量类器官的装置和方法。该装置包括细胞培养基底、聚二甲基硅氧烷微阵列深井微流控芯片和微流体控制系统，其中细胞培养基底粘合于所述聚二甲基硅氧烷微阵列深井微流控芯片之下，聚二甲基硅氧烷微阵列深井微流控芯片粘合于所述微流体控制系统之下，同时粘合于所述细胞培养基底之上，微流体控制系统粘合于所述聚二甲基硅氧烷微阵列深井微流控芯片之上。本公开提供的利用微阵列深井培养高通量类器官的装置和方法，采用包括细胞培养基底、聚二甲基硅氧烷微阵列深井微流控芯片和微流体控制系统的装置，结构简单，操作方便可控，克服了由于操作过程的不可控性，类器官的大小很难均一的缺点。