本发明公开了肠内营养自动化配置系统，包括工作台，所述工作台的顶部安装有传送带，所述传送带的正上方设置有用于对营养液进行自动化配置的配置模块，所述工作台的一侧设置有用于对传送带上传动的倾倒容器进行自动摆正的纠正机构，所述工作台的底部四个边角处固定连接有基座，所述基座的一侧且位于工作台的底部固定有用于对工作台进行移动行走机构，此肠内营养自动化配置系统，通过设计一套自动化的系统来完成特殊医学用途配方食品（FSMP）的配置操作，节约了人力成本，解决了人力速度受限的问题，使得送药的及时性提高，降低了配错率，利用工作台一侧的扶正机构，对杯体进行扶正，防止杯体传送时出现错误，导致配置失败的问题出现。