本发明公开了一种基于数字证书的抗量子计算数字货币通信方法及系统，该方法包括以下步骤：S1、使用密钥管理服务器分别为用户和商业银行数字货币系统颁发抗量子计算装置；S2、通过根证书颁发方法使用证书颁发机构分别为用户及商业银行数字货币系统颁发根证书，并存入抗量子计算装置；S3、根据证书颁发方法利用证书颁发机构分别为用户及商业银行数字货币系统颁发证书，并存入抗量子计算装置；S4、利用身份认证方法实现用户与商业银行数字货币系统之间的身份认证。有益效果：本发明将现有数字货币通信系统改进为抗量子计算数字货币通信系统，不仅可以实现抗量子计算的基于数字证书的数字货币通信系统，而且还兼顾了系统改进的成本。