本发明公开了一种植保无人机喷药防漂移智能控制系统及其控制方法，属于农业技术领域，在植保无人机飞行控制程序中加入暂停/启动喷药风速阈值实时测算模块，植保无人机启动喷药作业后，当实时监测风速高于实时暂停喷药风速阈值时，植保无人机自动关闭喷头、飞回喷头关闭点悬停，待风速低于实时启动喷药风速阈值时重启喷药作业。本发明提出了一种加权计算公式，公式中调用2个实时监测参数(空气湿度、与农药漂移边界线之间的距离)和5个有关作物、靶标有害生物、喷药作业等方面的参数，用于计算无人机作业过程中实时变化的暂停/启动喷药风速阈值，并与实测风速进行比较，智能、准确、高效地控制喷药作业，摆脱药液漂移危害，应用前景广阔。