本发明公开了一种副产黄腐酸的棉秆模塑餐盒浆生产工艺，属于农作物秸秆资源综合利用产业领域，围绕去除棉秆原料中果胶和半纤维素等阴离子垃圾产生来源系统采取蒸煮、疏解和生物处理措施，得到低叩解度浆；保留部分木质素以有助于形成模塑餐盒防油防水膜，并提高模塑餐盒的挺度和滤水性、提高纤维浆得率；采用酸性亚铵法制浆满足纤维要求同时得到黄腐酸。实现去除阴离子垃圾、较高的纤维得率，得到净化的棉花秸秆模塑餐盒纤维、保留了必要的木质素、副产得到黄腐酸。用低叩解度棉秆餐盒浆和高叩解度秸秆化学浆配抄以提高滤水性。既满足了模塑餐盒对纤维浆的特殊要求，提高了秸秆资源综合利用的水平，伴生得到高附加值黄腐酸，又从源头上根治制浆污染问题。