本发明公开了一种医疗贴标用赋码机的控制系统，控制系统包括控制器，根据控制器中预设的控制程序，控制器的开关量输出模块输出电信号控制第一电磁阀和第二电磁阀的线圈动作，使标签吸附口吸附或松开标签带赋码面，使料带吸附口吸附或松开标签带衬面；并且，控制器输出脉冲信号控制步进电机输出轴的转动角度，进而使步进电机驱动贴标辊和撕料辊转动，按序完成撕开标签带、切断标签带、滚贴标签的动作。本发明可将标签更好地粘贴在医疗物品表面，便于操作，与人配合操作的灵活性较强，不易损坏物品，更节省了人工撕标签的操作，可大幅提高工作效率。