本发明公开了一种针对冷链物资的堆码式消毒装置及方法，所述堆码式消毒装置封闭密封箱、抽真空装置、臭氧提供装置、打孔装置和中央控制器；所述封闭密封箱设有物料进口和物料出口，所述封闭密封箱上还设有气体进口阀门和气体出口阀门；所述封闭密封箱内设置冷链物质搁置支架和打孔装置；所述打孔装置包括打孔头；所述封闭密封箱上的出口阀门和抽真空装置连接；封闭密封箱上的进口阀门和臭氧提供装置连接；中央控制器通过数据传输线与封闭密封箱上的进口阀门和出口阀门、抽真空装置、臭氧提供装置和打孔装置相连接。该装置结构简单，易于实施，能有效地切断冷链食品本身、冷链食品包装的新冠病毒传播的途径。