本发明属于农业设施工程技术领域，具体涉及一种马铃薯组培苗的移栽设备及其移栽方法。所述马铃薯组培苗移栽设备包括填土模块、扦插模块、切苗模块、覆土模块、浇水模块等五个模块，末端执行器以及末端执行器位置调整系统。所述填土模块、扦插模块、覆土模块、浇水模块依次排列，四个模块的穴盘传输机和导向条依次对接，它们的安装位置高度相同。所述切苗模块与扦插模块为平行设置。所述末端执行器位置调整系统置于切苗模块和扦插模块以上的支架上，其Z轴线性模组处设置有末端执行器。本发明结构设计合理、紧凑，工作效率高，对马铃薯组培苗的机械损伤小，组培苗的交叉感染率小。本发明适用于马铃薯组培苗的机械化移栽作业。