本发明属于建筑装饰材料技术领域，公开了一种抗菌美缝剂及其制备方法和应用，采用氢化环氧树脂，不需要额外添加紫外吸收剂和抗氧化剂便可达到耐变黄、可长期不变色的效果；配方中还添加以选自脲醛三聚氰胺树脂和/或异氰酸酯作为改性剂，并添加了无机填料和颜料，因而使得成本大大降低、所得抗菌美缝剂的粘接强度高、收缩率低、韧性好、颜色丰富细腻、美观耐磨，同时具有良好的抗渗透性、抗水性以及抗化学性能。本发明还提供了上述抗菌美缝剂的制备方法，工艺和操作简单，所得的抗菌美缝剂能满足市场需求，可用于建筑和装修等领域，尤其适用于作为瓷砖铺贴的美缝剂中，应用前景广泛。