本发明公开了一种利用MHD微角振动传感器测量卫星结构微角振动的方法：MHD微角振动传感器测量初始数据经过高频采样后，存储到存储单元中，从而完成数据采集；将采集到的高频初始数据，经缺失值处理、去噪处理、标度因数处理、角度得积分、去一阶趋势项及补偿常值漂移，实现传感器数据的预处理；将经过预处理后的数据进行离散傅里叶变换，得到的频率和幅值信息，即为MHD微角振动传感器测量的卫星结构微角振动信息。本发明可以在高精度、小体积和低成本的条件下，实现对卫星结构微小角振动的测量，结果可用于卫星在轨实时测量。