本发明涉及微生物培养技术领域，具体涉及一种同步培养复合硝化菌和好氧反硝化菌的方法，包括如下步骤：1)将硝化菌营养液和加微载体加入硝化菌池，接种硝化菌菌种进行培养；2)检测第一硝化菌池内菌体的硝化活力，并补加营养液和微载体；3)将第一硝化菌池内培养好的硝化菌液溢流入第二硝化菌池，并重复步骤2)中的操作获得硝化菌液；4)将第二硝化菌池内培养好的硝化菌液溢流入好氧反硝化菌池内，接种好氧反硝化菌种子液；5)将培养好的好氧反硝化菌液溢流入絮凝沉淀池，曝气，排出菌体沉淀，制剂获得好氧反硝化菌产品。本发明的方法相对单独培养硝化菌或者好氧反硝化菌的方法在成本上更具有优势，菌体收获量高，总氮去除率高。