本发明公开了一种双极膜净水系统、再生方法及净水设备，包括主管路、第一阀门、第二阀门、第一出水管路、第一双极膜滤芯、第三阀门和储水装置；所述第一阀门、第一双极膜滤芯、第三阀门和储水装置按照所述主管路内水流方向依次设置在所述主管路上；所述第一出水管路与所述主管路连通，且位于所述第一双极膜滤芯和第一阀门之间，所述第二阀门设置在所述第一出水管路上。本发明的净水系统，双极膜滤芯可以实现不断再生，使用寿命长，成本低，双极膜滤芯不需要经常更换，并且再生过程只需要反向加电即可完成，操作简单方便。同时，双极膜滤芯进行再生过程中，储水装置可以正常对用户供水，保证双极膜滤芯再生时，用户用水正常。