本发明提供了一种地质构造约束的近地表建模方法及系统，属于地球物理勘探领域。所述方法首先根据前期得到的数字构造信息或者偏移后的地震数据提取构造信息，然后在近地表建模中，针对目标函数引入约束项进行约束，通过求解约束后的近地表建模方程，得到高精度的近地表速度模型。本发明解决了常规近地表建模方法得到的速度模型精度低、分辨率低、速度趋势与真实情况不吻合等问题难点，通过引入构造约束正则化项，更加稳定高效地获得高精度高分辨率的近地表速度模型，为后续的偏移成像提供高质量的近地表速度模型。本发明在地震信号处理领域具有良好的应用前景。