本发明涉及一种基于POCT的疾病预防控制方法和系统，该系统包含检测仪主机、用户移动终端、以及后台服务器，检测仪主机用于对被测样品进行检测，得到检测结果，并发送至后台服务器，用户移动终端，接收被测样品的类型信息，并发送至后台服务器；后台服务器，接收被测样品类型信息，以及检测结果，并根据类型信息对检测结果进行分析，得到诊断结果，并将诊断结果返回用户移动终端；用户移动终端，接收后台服务器返回的诊断结果；疾病报告通讯模块，根据诊断结果的情况，将传染病阳性结果以及用户信息发送到当地疾病预防控制中心。本发明是定位于家庭的基于手机APP和POCT的疾病预防控制系统，有利于相关部门及时锁定传染源。