本申请的基于虚拟科室的业务权限配置方法、系统以及终端，包括：根据医院的实际科室创建一或多个虚拟科室；对每个虚拟科室创建一或多个虚拟科室角色；根据所述虚拟科室角色设置与各角色相对应的业务权限；将所述实际科室与设置业务权限后的虚拟科室进行对照，以根据虚拟科室各角色的业务权限配置相对应的实际科室各角色的业务权限；根据导入的新设置的虚拟科室的权限，对各虚拟科室的业务权限进行同步初始化。本申请提供一种基于虚拟科室的业务权限配置方法，利用构建虚拟科室来配置各虚拟科室角色的业务权限来提高部电子病历系统的布署效率，并且自动将专科化需求配置自动初始化，减少人员成本和时间。