本发明公开了一种临界层位的煤层气井施工方法，包括以下步骤：通过定向钻机钻进煤层气水平井直井井身施工，钻头钻至距离顶板岩层造斜半径位置处经导斜进入顶板岩层和煤层结合处的临界层固井；利用观测钻屑和随钻判识技术使钻孔轨迹保持在临界层中钻进，施工进入水平段钻孔，钻头钻进期间不固井；利用随钻测量和导向钻井技术在水平段钻孔施工，水平段钻孔钻进过程中的分段或钻进完成后采用整体大流量压裂增产措施；结合规划回采工作面情况，确定施工水平分支孔数量，利用原直井井身施工分支水平段钻孔。本发明利用临界层位的半煤半岩钻孔特性，避免钻孔卡钻、坍塌、堵孔等现象，实现松软高瓦斯煤层瓦斯灾害治理和能源高效开采的综合目的。