本发明提供一燃料电池双堆发电检测系统，其中所述燃料电池双堆发电检测系统包括一电堆检测平台，一供氢组件、一供氧组件以及一负载及控制电路，所述电堆检测平台设有二检测工位，供固定二电堆单元，其中所述供氢组件和所述供氧组件可导通地连接于所述二电堆单元，由所述供氢组件为所述二电堆单元提供氢气，所述供氧组件为所述二电堆单元提供氧气，所述负载及控制电路具有一单堆检测模式、一双堆并联检测模式以及一双堆串联检测模式，并且所述负载及控制电路在所述单堆检测模式、所述双堆并联检测模式以及所述双堆串联检测模式之间切换。