本发明公开了一种提高干热岩热储改造人工裂缝复杂性的方法及其应用，所述方法包括以下步骤：步骤1、以变排量多频次的方式循环注入压裂液，使岩石疲劳损伤产生裂纹；步骤2、恒定排量下注入压裂液，沟通扩展裂纹，沟通天然裂缝；步骤3、以低于主裂缝扩展的临界排量注入压裂液，扩展复杂裂缝。在本发明中，针对干热岩地层，在偏塑性的干热岩井中采用以低变排量多频次循环注入方式不断冲击岩石，使岩石疲劳破坏产生大量裂纹，再以恒定低排量注入清水沟通扩展裂纹，沟通天然裂缝，之后以低于主裂缝扩展的临界排量大规模压裂扩展复杂裂缝，使压裂人工裂缝最终形成具有一定带宽的复杂裂缝系统。