本发明公开了一种绿色功能因子食品制作设备及其制备方法，包括安装架和存料罐，所述安装架顶部的中间位置处套设有超滤膜，所述超滤膜内部顶部的一侧设有超声波发生器，所述超滤膜底部的中间位置处设有相互连通的排流口，所述超滤膜底部的一侧设有相互连通的排污口。本发明通过预混合导流组件的相互配合，可在原料下料时与水液进行接触，并在套筒的离心旋转以及导向粉碎环和螺旋导流杆产生的导向分散结构加持，使原料与水液的接触面和混合成效更加均匀迅速，同时利用通流板的辅助搅拌和加热套的加热配合下，使多种蛋白酶内的小分子肽得到激发反应，提高蛋白酶内小分子肽因子提取的工作效率。