本发明提供一种尿素微波制氨方法及其控制系统，涉及氨气制备技术领域，其中尿素微波制氨方法包括：获取脱硝模块中目标参数的目标浓度；其中，所述目标参数包括氮氧化物和/或硫氧化物；确定与所述目标浓度匹配的目标处理策略；根据所述目标处理策略，控制执行目标处理。也就是说，本发明实现了在脱硝模块的作用下，根据氮氧化物和/或硫氧化物的目标浓度，调节微波尿素热解模块的出气口处风机的风量、调整微波尿素热解模块中微波源的功率和/或调整水解反应器中喷水雾的速率，从而获得符合收集要求的目标氨气，提高了高温烟气的处理效率，降低了能耗，从而大大提高了利用尿素微波制备氨气的效率，也提高了尿素微波制氨设备的使用寿命。