本发明提供一种从贯叶连翘中提取金丝桃素的方法，属于植物活性成分提取技术领域。其中，具体步骤包括：将贯叶连翘粉粹并进行灭菌处理，以得到灭菌后的贯叶连翘粉末，对所述灭菌后的贯叶连翘粉末进行活化处理，以得到活化后的贯叶连翘粉末，在所述活化后的贯叶连翘粉末中加入碱液、稳定剂，并采用乙醇在超声作用下进行提取，得到提取液，对所述提取液进行过滤、浓缩、干燥处理，以得到含有金丝桃素的提取物。本发明的方法经过两次预处理有效缩短提取次数与提取时间，并且，可使每批贯叶连翘样品中提取的金丝桃素有效成分含量稳定，产率较高，提取物中的微生物含量较低，符合使用标准，以及提取物中金丝桃素不易氧化分解。