本发明公开了一种大气采样控制方法及控制装置，该方法用于无人机的大气采样，包括如下步骤：建立一个或多个采样任务，确定采样点位、采样信息以及建立采样任务与采样设备的关联关系；在无人机飞抵预设的采样点位后，如果检测到采样点位的风速低于风速阈值时，采样设备在预设的采样点位依据预设的采样信息进行采样；如果检测到采样点位的风速高于风速阈值时，采样设备在预设的采样点位采样后，在气流下游位置的第一预设距离处进行二次采样。本发明的方法和装置在风速等气相条件变化较大的场合下，可实时调整采样位置和控制采样过程，使得采样结果更精确、更符合实际需求。