一种跨平台的远程命令执行控制系统及方法，该系统包括：位于客户端的客户端数据输入输出模块、客户端数据预处理模块、客户端配置管理模块和客户端传输模块，以及位于服务端的服务端数据输入输出模块、服务端数据预处理模块、服务端配置管理模块、服务端传输模块、服务端安全验证模块以及服务端命令解释和执行模块，本发明统一定义出命令组织、命令提交、命令执行和结果返回四个阶段，基于Client/Server工作模式，C/S两端模块均运行在虚拟机或解释执行环境中，不依赖于特定操作系统；工作协议本身是无环境依赖的，统一的输入与输出接口，屏蔽底层平台执行差异的细节。