本发明提供一种费托蜡生产润滑油基础油的方法和系统，所述方法将加氢裂化、异构脱蜡及加氢降浊工艺有机结合生产低浊点重质润滑油基础油。将经过加氢裂化后的液体产物从反应系统抽出并进行分离，然后再将能够用来生产润滑油基础油的未转化油返回反应系统和气体料流一起通过加氢异构反应区，降低原料的倾点。将经过异构降凝后的液体产物从反应系统中抽出并进行分离，然后再将分离后的重组分返回反应系统和异构降凝后的气体料流一起通过加氢降浊反应区，生产低浊点重质润滑油基础油。本发明方法可以在生产燃料油的同时高效生产轻质、中质润滑油基础油以及低浊点重质基础油产品。提高了构降凝催化剂和加氢降浊催化剂的反应效率和润滑油基础油产品的收率。