本发明公开一种无菌饲养箱，包括饲养箱主体，所述饲养箱主体内包括多个分箱腔体，相邻2个分箱腔体通过可启闭的密封中转门连通，每个所述分箱腔体设置于有可伸入分箱腔体内的操作手套、可抽取的排泄物收纳盒、进氧口和出氧口；每个所述分箱腔体上安装有至少一个消毒筒，所述消毒筒包括两端为空的圆筒本体，所述圆筒本体两端各设置有一个可启闭的密封门，一个密封门位于分箱腔体内、另一个位于分箱腔体外，圆筒本体上设置有供氧喷头和消毒喷头。本发明还公开无菌饲养方法，本发明的有益效果：可以用于小动物的无菌饲养，操作简单，使用方便，始终保持与外界无污染接触。