本发明提供了一种大通径真空管道的伸缩补偿密封机构及其装配方法，其中，所述伸缩补偿密封机构包括：弹性密封件，分别与第一管道本体、第二管道本体连接，以阻隔第一管道本体内、第二管道本体内与外空间的连通；弹性密封件包括：压差密封部，设于第一管道本体、第二管道本体之间，第一管道本体内、第二管道本体内与外空间的压差驱使压差密封部朝第一管道本体、第二管道本体内方向拉伸形变。本发明结构简单，漏点少，成本低，密封性能稳定可靠，实现对真空磁悬浮管道的伸缩补偿；拆卸简便，避免了对大通径真空管道结构上的破坏。解决了大通径真空管道成本高、易泄露，以及维修更换难度大、工艺控制要求高，后期捡漏工作繁重的问题。