本发明公开了一种煤焦油全馏分生产清洁燃料的方法。所述方法包括：将煤焦油全馏分蒸馏获得重馏分和轻馏分，之后将所获轻馏分进行碱洗、酸化处理获得粗粉和脱酚油，同时使所获重馏分于装填有沸腾床加氢催化剂的沸腾床加氢装置进行加氢处理，其后将所获沸腾床加氢产物和所述脱酚油于固定床加氢系统中进行加氢精制处理、加氢裂化处理，从而实现煤焦油全馏分的清洁化生产；其中所述沸腾床加氢催化剂包括金属活性组分和负载所述金属活性组分的载体，所述载体是通过将玄武岩纤维短切纱、天然海绵粉末与氢氧化铝干胶粉混合、焙烧而成。本发明提供的煤焦油全馏分的加工方法使煤焦油全馏分转化为高附加值的清洁燃料产品，明显提高了煤焦油资源的利用率。