本发明公开了一种原位连续测定高浊度水体中温室气体浓度的系统，包括：过滤器、隔膜泵、平衡腔、气体干燥管、温室气体测定仪、水管、气管。本发明还公开了一种基于上述系统的测定方法，包括：通过隔膜泵连续抽取待监测的水体，经过连接水管的过滤器去除大部分悬浮颗粒物，水样进入平衡腔之后，经过雾化喷头雾化成小水滴，进入平衡腔的液体体积超过固定高度后溢出，保持系统15分钟到达稳定状态之后，使用温室气体测定仪测定平衡腔顶部空气中温室气体的浓度，通过计算可以转化为当前时间水中的温室气体浓度。本发明还公开了一种上述系统和方法在原位连续测定高浊度水体中温室气体浓度中的应用。