本申请提供的一种基于动态配置接口的时钟配置器、FPGA系统，所述时钟配置器包括：一或多个协议接口，以获取主机表示读写请求的地址信息；路径管理器，用于将路径分配至对应的状态管理器；状态管理器，包括：对应PLL的配置寄存器、状态寄存器、及对应DRP控制逻辑的DRP开关；状态管理器用于实时检测PLL状态及DRP控制逻辑状态并存到所述状态寄存器中；配置寄存器用于接收写请求并进行解析，以更新所述配置寄存器与状态寄存器，并根据DRP控制逻辑判断PLL的状态以供对所述配置寄存器的配置。于本申请基于动态接口的时钟配置器，可以实时调整PLL的各项参数，有效节省因调整时钟频率或时钟各项参数所要消耗的bit流文件编译时间，是一种更高效的FPGA时钟管理方案。