本发明公开了一种自动水处理过滤系统及过滤方法。系统包括总进水管路、n条过滤管路、n个过滤器、总出水管路、n条反冲洗管路和反冲洗总出水管路，总进水管路分别与n条过滤管路连接，n条过滤管路分别与总出水管路连接，各过滤器分别设于各过滤管路上，每个过滤管路于过滤器与总进水管路之间设置过滤进口阀、于过滤器与总出水管路之间设置过滤出口阀，总进水管路上设有总进口阀，总出水管路上设有总出口阀；每个反冲洗管路设置在对应的过滤管路上，每个反冲洗管路上设置反冲洗阀，各反冲洗管路分别与反冲洗总出水管路连接。方法包括正常过滤模式和反冲洗模式。本发明具有操作简单、过滤功能与反冲洗功能冲突问题、设备维护简单的优点。