本发明涉及高分子合成技术领域，更具体地，本发明涉及一种高耐性封闭型水性聚异氰酸酯的制备方法及其应用。本发明通过使用有机硅化合物对羧酸型扩链剂进行改性，制备新型的异氰酸酯改性剂，在聚异氰酸酯中有效引入有机硅链段，赋予其优异的耐高温性能；此外有机硅化合物具有表面能低和易表面富集的特性，是很好的疏水性物质，使得使用本发明提供的聚异氰酸酯作为固化剂，制备得到的高分子具有优良的耐候性、耐溶剂性及生理惰性。且相比于单独使用羧酸型扩链剂，本发明提供的改性剂对聚异氰酸酯进行改性，在赋予聚异氰酸酯亲水性的同时不会使其粘度大量增加，更容易制备出无溶剂的高固含、低粘度和小分散粒径的封闭型水性聚异氰酸酯。