本发明公开了一种基于自编码器的无线传感器网络数据融合方法及网络系统。该方法包括：将剩余能量因子、距离因子、节点密度因子加入簇头选举阈值公式中以改进；在基站训练堆叠自编码器以获取编码器参数；根据改进后的簇头选举阈值公式簇头选举；簇成员节点将节点数据传输至簇头；簇头将簇节点信息表发送至基站；基站将编码器参数发送至相应的簇头；簇头根据编码器参数将节点数据进行融合；簇头将融合压缩数据传输至基站；基站数据重构，并判断所有节点是否死亡，是则结束，否则执行簇头选举步骤。本发明减少发送冗余数据造成的能量损耗，从而降低死亡节点数及节点死亡速度，减少和平衡了网络能量消耗，延长网络生存周期，提高了数据传输效率。