本发明涉及一种餐厨垃圾综合处理系统。该系统包括：固液分离装置,固体输送线，粉碎装置，挤压脱水装置，废水处理系统，第一输送分配线，初级发酵系统，第一收集输送线，加料仓，第二输送分配线，次级发酵系统，第二收集输送线，筛分机，第一出料输送线，第二出料输送线，废气处理系统。上述系统设置有固液分离装置、粉碎装置、挤压脱水装置、废水处理系统、初级发酵系统、加料仓、次级发酵系统、筛分机、废气处理系统，并通过对应的输送线和分配线将各个装置有效组合在一起，形成一套完整的立体的高效的可对大规模的餐厨垃圾集中处理的系统。且该系统对废水和废气都进行了无害化处理，有利于保护环境。