本发明公开了一种低冲击空间对接电磁密封装置，包括设于第一飞行器对接口的极靴组件、隔磁环、永磁体、磁性流体，以及设于第二飞行器对接口的波纹管、基座、伸缩部、导磁轴。极靴组件包括至少两个极靴，极靴上设有若干极齿。相邻两个极靴之间设有永磁体。极靴组件远离第二飞行器对接口的一侧设有隔磁环，永磁体的内圆面和与其相邻的两个极靴的相邻侧面配合形成容置空间。基座与第二飞行器对接口的壳体内圆面连接，伸缩部固连于基座，其输出端与导磁轴连接。基座、伸缩部和导磁轴均内部中空且配合形成一两端开口的空腔，波纹管位于空腔内，第一端伸出空腔与基座远离导磁轴的一侧连接，第二端与导磁轴的内壁面连接。