本发明提供了一种岩溶地区隧道排水管道防垢及消垢系统及施工方法，该系统包含冲洗系统和主机系统。冲洗系统设置在二衬与电缆沟之间，主机系统设置在隧道口消防泵房附近。冲洗系统包括冲洗管道；主机系统包括自动控制系统、取水装置、增压泵、高频电子水处理仪、储水池、加药装置。该系统通过取水装置取水后，水经过高频电子水处理仪进行软化，软化后送入储水池，待储水量达到设定标准后，通过冲洗管道和自动控制系统将处理后的软水输送至岩溶地区隧道排水管道进行预防性冲洗，预防隧道排水管道结晶堵塞；并且通过配合本系统的加药装置，针对已结垢的岩溶地区隧道排水管道投放安全无害的消垢剂及阻垢剂，解决隧道排水管道堵塞的问题。