本发明提供了一种血液转流系统，包括：第一血管鞘模块、第二血管鞘模块和转流管路；转流管路的两端分别与第一血管鞘模块和第二血管鞘模块连接；第一血管鞘模块包括第一导管鞘单元和第一扩张器单元，第一导管鞘单元套接于所述第一扩张器单元；第二血管鞘模块包括第二导管鞘单元和第二扩张器单元，第二导管鞘单元套接于第二扩张器单元；转流管路包括调速单元和过滤单元，调速单元能够调节血流的流速，过滤单元能够过滤血流中的栓子微粒。本发明提供的血液转流系统能够大幅缩短从血管进入点到目标治疗点的路径的长度和曲折度，并且使血液中的栓子微粒得到有效过滤。