本发明提供了一种减少海上升压站坐底式导管架基础施工沉降的方法，其包括以下步骤：S1，在坐底式导管架基础上布置浮力装置；S2，使用起重机将导管架基础起吊，连同浮力装置整体沉放入海底，导管架基础就位于海底泥面后，进行沉桩、混凝土灌浆施工；S3，在混凝土灌浆结束一段时间，导管架基础与桩之间的混凝土达到预计强度后，拆除浮力装置。本发明利用布置在升压站基础上的浮力装置提供浮力，降低升压站基础对海底泥面的压强，从而达到减少沉降的目的，具有可操作性强、资源易落实、对本体结构没有不良影响、浮力可以根据需要进行调节、适用性强等优点，可以相对快速、低成本地解决坐底式导管架沉降问题。