本发明公开了一种医疗电动钻的消毒盒，包括待消毒的电动钻本体，所述电动钻本体的电机上设有输出轴，所述电动钻本体上输出轴的底部设有钻头，还包括消毒盒，所述消毒盒的上表面开设有供电动钻本体插放的通孔，所述电动钻本体上的输出轴为矩形杆，所述电动钻本体上输出轴靠近底部的表面套有圆柱凸轮。本发明，通过上述结构之间的配合使用，解决了在实际使用过程中，由于传统的清洗消毒设备是先将钻头从电动钻上取下后，再进行水洗，操作起来较为麻烦，且在手术过程中，钻头的更换耗时较长况且费时费力，且传统的清洗消毒设备将多根拆卸后的钻头一起清洗时容易造成交叉污染，给使用带来诸多不便的问题。